Audyty wewnętrzne, sama nazwa tego typu audytów wskazuje na formę ich przeprowadzania.
Realizowane są wewnątrz danego przedsiębiorstwa. Właściwe wskazanie i przeszkolenie pracowników pełniących funkcję audytorów wewnętrznych jest istotne dla tego typu audytów, jak również sformułowanie check listy audytu wewnętrznego dla poszczególnych obszarów funkcjonowania firmy. Pod rozwagę wskazane jest zatrudnienie audytorów wewnętrznych pracujących na zlecenie danego przedsiębiorstwa i posiadających obiektywne spojrzenie na funkcjonowanie danej firmy pod kątem bezpieczeństwa żywności i żywienia obligatoryjnego zgodnie z prawem.